Pompa biologis adalah sebuah proses sekuestrasi karbon dari atmosfer dan limpasan darat ke interior lautan dan sedimen laut yang digerakkan secara biologis.[1] Dalam kata lain, hal ini merupakan sebuah proses yang dimediasi secara biologis, dengan hasil yaitu tersekuestrasinya karbon di laut dalam, jauh dari atmosfer dan daratan. Pompa biologis adalah komponen biologis dari "pompa karbon laut", yang terdiri dari komponen biologis dan fisik. Hal tersebut merupakan bagian dari siklus karbon laut yang lebih luas, yang bertanggungjawab dalam sirkulasi zat organik, umumnya terbentuk oleh fitoplankton selama fotosintesis, beserta dengan peredaran kalsium karbonat yang dibentuk menjadi cangkang oleh organisme seperti plankton dan moluska.[2]
Pompa biologis bukan merupakan hasil dari satu proses, melainkan gabungan dari berbagai proses, yang masing-masing dapat mempengaruhi pompa biologis. Secara keseluruhan, pompa ini memindahkan sekitar 10,2 gigaton karbon setiap tahun ke interior lautan, dengan total 1300 gigaton karbon pada rata-rata 127 tahun.[3] Hal ini memindahkan karbon dari kontak dengan atmosfer selama beberapa ribu tahun atau lebih lama. Sebuah samudera tanpa pompa biologis akan menghasilkan tingkat karbon dioksida atmosfer sekitar 400 ppm lebih tinggi daripada tingkat masa kini.